پاورپوینت
برای ایجاد پیکربندی اولیه در شبیه سازی مولکولی نیاز به نرم افزار پکمول (Packmol) دارید. این نرم افزار مولکولهای شما را به تعداد دلخواه و با چگالی معین در جعبه شبیه سازی شما قرار می دهد. این آموزش در محیط لینوکس ubuntu بوده و مدت آن ۲۱ دقیقه و حجم آن ۷۲ مگابایت است. فرمت فایل mp4 می باشد. تاریخ انتشار: ۶ فروردین ۱۳۹۵ ...
LAMMPS یا همان شبیهسازی برای دستگاههای پر ذره که با موازی سازی میتواند شبیهسازیهای پیچیده را اجرا کند. برای بررسی سیستمهای مولکولی نمیتوان از روشهای بر پایه ٔ محیط پیوسته استفاده کرد، چون دینامیک سیستم بسیار سریع بوده و از طرفی محیط فرایند هم پیوسته نیست؛ لذا از روش شبیهسازی دینامیک مولکولی استفاده میشود، که برمبنای مکانیک کلاسیک بوده و لمپس یکی از نرمافزارهایی است که میتوان با آن، براساس روش دینامیک مولکولی بسیاری از سیستمهای اتمی مولکولی را شبیهسازی نمود . توسعه ٔ لمپس از سال ۱۹۹۰ توسط CRADA شروع شد و بین آزمایشگاه DOE (سندیا و LLNL ) و سه شرکت کری و بریستول و داپنت بود، که هدف آن توسعه ٔ کد نویسی به صورت کلاسیکی و موازی برای حالت بزرگ مقیاس میباشد. استون پلیمپتون در سندیا تلاشهای بسیاری برای کد نویسی آن انجام داد. ظهور نسخه ٔ F 77 منجر به تولید LAMMPS 99 شد و پس از ساخت F 90، LAMMPS 2001 تولید شد. بازنویسی لمپس از فرترن به C++ و تولید کد منبع باز آن در سال ۲۰ ...
LAMMPS یا همان شبیهسازی برای دستگاههای پر ذره که با موازی سازی میتواند شبیهسازیهای پیچیده را اجرا کند. برای بررسی سیستمهای مولکولی نمیتوان از روشهای بر پایه ٔ محیط پیوسته استفاده کرد، چون دینامیک سیستم بسیار سریع بوده و از طرفی محیط فرایند هم پیوسته نیست؛ لذا از روش شبیهسازی دینامیک مولکولی استفاده میشود، که برمبنای مکانیک کلاسیک بوده و لمپس یکی از نرمافزارهایی است که میتوان با آن، براساس روش دینامیک مولکولی بسیاری از سیستمهای اتمی مولکولی را شبیهسازی نمود . توسعه ٔ لمپس از سال ۱۹۹۰ توسط CRADA شروع شد و بین آزمایشگاه DOE (سندیا و LLNL ) و سه شرکت کری و بریستول و داپنت بود، که هدف آن توسعه ٔ کد نویسی به صورت کلاسیکی و موازی برای حالت بزرگ مقیاس میباشد. استون پلیمپتون در سندیا تلاشهای بسیاری برای کد نویسی آن انجام داد. ظهور نسخه ٔ F 77 منجر به تولید LAMMPS 99 شد و پس از ساخت F 90، LAMMPS 2001 تولید شد. بازنویسی لمپس از فرترن به C++ و تولید کد منبع باز آن در سال ۲۰ ...
(آموزش LAMMPS) در این شبیه سازی دینامیک مولکولی شما خواهید دید که چگونه مدول یانگ (Young's Modulus) جسم حجیم آلومینیوم (Bulk) محاسبه می شود. این روش می تواند برای عناصر دیگر هم کاربرد داشته باشد. آنسامبل مورد استفاده NVT می باشد. دمای سیستم با استفاده از ترموستات نوز-هوفر روی ۳۰۰ کلوین نگه داشته شده است. مدت آموزش ۴۲ دقیقه می باشد. تاریخ انتشار ۹۵/۴/۱۰ ...
(آموزش LAMMPS) در این آموزش تصویری عنصر آلومینیوم در یک شبکه با ثابت شبکه دلخواه شبیه سازی می شود. سپس با استفاده از دستورات minimize و fix box/relax انرژی سیستم را به کمینه حالت می رسانیم سپس ثابت شبکه Lattice Constant و انرژی بستگی Cohesive Energy را بدست می آوریم. مدت آموزش در حدود ۳۵ دقیقه است. تاریخ انتشار ۹۵/۳/۳۱ ...